Je rozdělena do pěti dílčích etap, které budou probíhat po celou dobu trvání projektu.

1. Pokračování terénního výzkumu započatého v letech 2004-2005
   1. Dohled na probíhajícími stavebními a restaurátorskými pracemi, dohled nad odkryvem vrstev,
   2. Dokumentace nálezových situací a hmotných nálezů,
   3. Odběr vzorků z odkrytých vrstev.
2. Zpracování nálezové situace terénního výzkumu z let 2004, 2005 a 2014 – výsledkem bude odborně hodnověrná rekonstrukce historického vývoje rotundy a místa, na němž byla postavena, a prostřednictvím hmotných nálezů zařazení do časových relací.
   1. Zhotovení grafických výstupů,
   2. Zhotovení tabulkových výstupů,
   3. Zhotovení vývojového diagramu lokality,
   4. Práce s nálezy – třídění nálezů pro kresby, konzervaci, popisy a vyhodnocení.


Zaměření a rekonstrukce – M. Müller. Převzato z Čiháková, J. – Müller, M.: Zpráva o nálezu rotundy sv. Václava na Malostranském náměstí v Praze. Zprávy památkové péče 66, 2/2006, 100–116

3. Analytické rozbory
   1. Analýzy 30 odebraných vzorků malt ze zdiva a lože podlah,
   2. Geochemické analýzy vzorků strusky, rudy, kovů, zvláštní mazanice s nátěrem, pigmentů, přeslenů, tyglíků a neurčitelných a sporných nálezů,
   3. Radiokarbonová analýza 14C,
   4. Palynologické analýzy z uskladněných vzorků hlín s mikrobotanickými příměsemi,
   5. Geochemická analýza vzorků historických terénů, mezi nimiž jsou hlíny a popely,
   6. Geologický posudek.



4. Historické vyhodnocení archeologického výzkumu
   1. Rekonstrukce historického vývoje v místě lokality,
   2. Porovnání získaných poznatků s legendami a písemnými zprávami,
   3. Rekonstrukce architektonického vývoje objektu a jeho srovnání s analogickými stavbami,
   4. Analýza movitých nálezů,
   5. Zasazení hmotných i nehmotných nálezů do historického kontextu.
5. Tvorba výstupů – grafických, tabulkových a textových